5月14日－15日，中国科学院在合肥召开“全院办校、所系结合”工作会议，白春礼常务副院长宣读了《关于表彰中国科学院“全院办校、所系结合”工作先进单位和优秀个人的决定》，广州医药院荣获中科院“全院办校、所系结合”工作先进单位，裴端卿副院长代表广州医药院接受颁奖。
        2006 年 7 月 3 日，广州医药院举行了与中国科学技术大学共建的“医药生物技术系”揭牌仪式，正式成立“医药生物技术系”。医药生物技术系是广州医药院具体贯彻中国科学院“全院办校、所系结合”办学方针，在中国科技大学与中科院广州分院签署的科技合作框架协议的基础上，由广州医药院与中国科技大学生命科学学院联合共建，广州医药院陈凌院长兼任系主任。
        医药生物技术系旨在培养善于将基础与应用研究相结合的创新型人才；培养不仅有能力进入一流的研究机构及院校工作，也能在医药企业的研发领域发挥引领作用的领军人才。截至2007年5月，广州医药院有11名研究员获中国科大博士生导师资格，已累计招收三届近60名硕士及博士研究生。在科大开授“现代医药生物技术概论”和“化学生物学”二门课程。同时，广州医药院已成为中国科大生命科学学院本科学生重要的实习基地。在科研方面，双方科研人员积极展开学术交流与合作，并联合申请研究课题。值得一提的是，2007年3月28日，广州医药院以医药生物技术系的名义邀请2006年诺贝尔生理/医学奖获得者克雷格•梅洛（Craig Mello）博士到中国科技大学作学术报告，受到科大师生的热烈欢迎。克雷格•梅洛博士是2006年诺贝尔奖获得者中第一位到科大演讲的诺贝尔奖得主。
        此次表彰是对广州医药院探索、创新教育培养途径的肯定和鞭策，广州医药院将再接再厉，为将医药生物技术系建设成为国际一流的院系，为我国生物医药与健康领域培养高素质的领军人才而努力。