2023年10月 – 至今中国科学院广州生物医药与健康研究院 研究员

2017年02月 – 2023年10月美国国立卫生研究院(NIH) / 博士后(Postdoctoral Fellow)、专职研究员(Research Fellow)

2014年10月 – 2017年02月梅奥医学中心(Mayo Clinic)/ 专职研究员(Research Fellow)

2009年08月 – 2014年07月中国科学院北京基因组研究所/博士

2005年09月 – 2009年06月华中科技大学/学士

课题组主要研究细胞命运决定过程中的基因转录调控规则和机制。具体研究内容包括：

1)     构建和应用深度学习模型、开发组学数据分析方法；

2)     研究基因组调控区域的序列特征、启动子与增强子间的相互作用规则、转录因子间合作规则，及它们对基因转录的影响；

3)     探索细胞特异性调控网络及其在细胞发育、分化和疾病发生中的分子机制。

为实现这些研究内容，课题组将采用多学科的方法和技术，包括深度学习、生物信息学、基因组学、CRISPR基因编辑、高通量筛选、以及各种测序技术(如STARR-Seq、Hi-C、ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq等)。

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说明： #为共同第一作者，*为通讯作者

1.     Yongbing Zhao#*. TFSyntax: a database of transcription factors binding syntax in mammalian genomes. Nucleic Acids Research, 2023 

2.     Yongbing Zhao#*, Supriya V. Vartak#, Andrea Conte#, Xiang Wang#, David A. Garcia#, Evan Stevens, Seol Kyoung Jung, Kyong-Rim Kieffer-Kwon, Laura Vian, Timothy Stodola, Francisco Moris, Laura Chopp, Silvia Preite, Pamela L. Schwartzberg, Joseph M. Kulinski, Ana Olivera, Christelle Harly, Avinash Bhandoola, Elisabeth F. Heuston, David M. Bodine, Raul Urrutia, Arpita Upadhyaya, Matthew T. Weirauch, Gordon Hager and Rafael Casellas*. "Stripe" transcription factors provide accessibility to co-binding partners in mammalian genomes. Molecular Cell, 2022 

3.     Yongbing Zhao*, Jinfeng Shao, Yan W Asmann*. Assessment and Optimization of the Interpretability of Machine Learning Models Applied to Transcriptomic Data. Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 2022

4.     Yongbing Zhao#, Jinyue Wang#, Fang Liang, Yanxia Liu, Qi Wang, Hao Zhang, Meiye Jiang, Zhewen Zhang, Wenming Zhao, Yiming Bao, Zhang Zhang, Jiayan Wu, Yan W Asmann, Rujiao Li, Jingfa Xiao. NucMap: a database of genome-wide nucleosome positioning map across species. Nucleic Acids Research, 2019 

5.     Gaihua Zhang#, Yongbing Zhao#, Yi Liu#, Lipin Kao, Xiao Wang, Benjamin Skerry, and Zhaoyu Li. FOXA1 Defines Cancer Cell Specificity. Science Advances, 2016